午夜城

碩士畢業之後就橫行天下了？不用再讀書了？

進實驗室穩穩的做了幾年之後就不用再學習了？？.........才怪。

上圖是在實驗室中跑電泳的裝置，與正在跑的膠（agarose gel）。

已長達6年的研究助理生涯告訴我，

進實驗室之後～～依照每一間實驗室的不同，你會學的東西，

應該這麼說，你需要新學的東西，其實一直都在增加，新的機器也一直在增加......只有薪水沒有增加（苦笑）。

所以，與其說我在記錄自己的實驗問題，不如說我在再一次學習，重修當年總是摸魚的分子生物學......

（魚表示：＃＃＃＃＃）

抽RNA是我在近3、4年來到這間實驗室才學的，

一直都只是照抽，但沒有仔細想過其中的每一件事。

從前只知道，抽完之後看28S、18S、5S來確認抽出RNA的品質。

但從未去瞭解他們的意義。

事實上，所謂的28S、18S、5S是來自rRNA（核糖體RNA, ribosomal RNA，多數為單股雙螺旋結構，細胞中的RNA，約有80％是rRNA）

而其中的S是指沈降係數，所以28S、18S、5S中的數字並不是能夠以比例做計算得出的。

維基百科有rRNA的介紹，裡面有說出了：真核生物（也就是我們實驗常養的哺乳類細胞）存在著28S rRNA（來自60S大亞基）、18S rRNA（來自40S大亞基）、

這是我自己跑過的其中一塊膠與RNA。（最左為marker，用來看其右側其他樣品的RNA片段大小）

在抽RNA的實務中，我們除了測定濃度之外，

為了確認RNA的品質，我們會跑agarose的膠，期待band的亮度是 28S：18S＝2：1，代表品質良好，是健康的RNA。

5S則是越少好越好，因為一旦變多，就有可能是28S、18S的RNA被分解了。

這是一個公認的標準，毋庸置疑。

(這個連結我猜應該是陽明大學的機構，裡面有很清楚的範例：RNA EX）<---可按

然而，為什麼呢？為什麼 28S：18S＝2：1，代表品質良好？

也就是說，為什麼 28S的量是18S的2倍，就是代表品質良好？

這個問題我想了一陣子，都沒有想通，

後來與同事商量後，目前想到的想法有2個：

1.這是實際情況的結論，簡單講，經驗法則。按照經驗， 28S的量是18S的2倍的RNA就是品質好。

2.理論上，一個生物體28S、18S的含量應該是差不多的，但是在跑膠時，因為28S的構型比18S大，所以可以插入比較多的EtBr，所以因為構型和插入EtBr數量的關係，造成亮度28S會是18S的2倍。

以上都是純推測，如果有前輩先進路過願意指點，還請不吝指正（在這裡先鞠躬）。

2020.8 補充 ：源自某PI，M先生的答覆（不過1個做快10年的助理問了這種笨問題，還是有點接受到對方鄙視的眼神QQ）

28S：18S＝2：1，代表品質良好的原因，

是因為生物體內的含量就是2：1，越是在抽取後接近生物體本身生存的狀態，就是代表抽取樣本越新鮮，品質越好，因而被當成一種標準看待。

一個笨蛋就算在實驗室經過訓練，也還是個笨蛋阿（嘆）。

一個笨蛋就算在實驗室經過10年的訓練，也還是個笨蛋阿（再嘆）。

乾，我終於得到結論了，你看看，又過了好幾年了......

備註:

2021.9.11 

ㄟ，我不知道這個我以為的廢文會這麼多（目前1千六百多）人看耶，

直到有一天，我發現理論上（這關係太微妙我不敢說）同實驗室的一個大學部專題學弟，竟然複製了我部落格的內容（連電泳圖都複製了），

拿去回答M主持人上週在瞇挺詢問他的問題......「為什麼 28S：18S＝2：1，代表品質良好」

對，我就是從我那個maker吃屎的電泳圖開始認出來的，

要找到maker吃屎+有RNA ladder+寫RNA check這種直接粗暴的英文標題，我想世界上很難有第2個！！！

想當初我很不好意思請教M主持人時，他還面色不佳，應該是認為怎麼會有一個碩士老助理連這種事都不懂吧，

看著M似乎非常滿意，像是收了個愛徒，至少不是我這種不濟的老助理的表情，坐在台下的我也是笑笑，感慨萬千啊......

套一句親子系列的書名，「你的愛徒不是你的愛徒」，

有些畫面太美......就什麼也看不清楚了......（茶）

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2018.7.25 初寫

2020.8 補充